V průběhu mladší doby paleolitu, před zhruba 50 tisíci lety, se na území Komína začalo osidlovat. To dokládají archeologické nálezy, jako je lebka a úlomky nalezené poblíž trati Štompil a Nivy. Tyto nálezy svědčí o bohaté archeologické historii tohoto místa, která není omezena pouze na tento období.

První písemná zmínka o Komíně pochází z roku 1240, kdy královna Konstancie darovala toto území klášteru v Předklášteří. Poté, co Komín darovala královna, její syn Václav I. potvrdil tento dar pečetí.

Eliška Rejčka nechala v Komíně vybudovat kostel svatého Vavřince, čímž vytvořila farnost. Ačkoliv škola v Komíně existovala již v 17. století, později vyhořela. Po požáru musely děti dojíždět do školy v Bystrci, dokud nebyla v roce 1783 postavena nová škola v Komíně. Dochované záznamy o komínské návsi zmiňují průběh potoka středem vsi a polohu kostela, který byl později přemístěn.

Historie Komína byla poznamenána řadou pohrom, včetně bouří, zemětřesení a bídy v 90. letech 16. století. Během třicetileté války byla v Komíně ustájená švédská jízda. V roce 1720 byla obec zničena požárem a trvalo mnoho let, než se vzpamatovala.

Během dalších dvou staletí vznikla nová škola, hřbitov, domy a byl opraven kostel. Komín se tehdy převážně živil zemědělstvím, avšak fungovala zde také výroba likérů.

Během druhé světové války se v oblasti Komína bojovalo mezi Rudou armádou a německou armádou. Osvobození Komína proběhlo již 26. dubna 1945, přestože se zbytky Němců ještě skrývaly v okolí komínských zmol. Padlí vojáci Rudé armády byli pochováni na čestném pohřebišti na Hausperku, který byl přejmenován na Ruský vrch.

V roce 1947 byla vybudována tramvajová trať do Komína. V 70. letech bylo podle návrhu architekta Františka Kopřivíka postaveno panelové sídliště a vybudována kníničská radiála, což vedlo ke ztrátě vesnického charakteru obce. V 90. letech došlo k rekonstrukci komínského náměstí a obnově hřbitova. V roce 1997 byla postavena nová trolejbusová vozovna na Jundrovské ulici.

Původ jména Komín zůstává nejasný, ale existuje hypotéza, že je odvozeno od jména Kom nebo slovanského základu „kom-“ (strmě, svisle, kolmo). Jméno Komín je v České republice unikátní, i když existují obce s podobným jménem v zahraničí.